Stage de M2 : sujet
Au 9 juillet, j'avais un intitulé et une brève description :
Adaptation des outils de phylogénomique à l'étude des facteurs de transcription
Diverses suites d'algorithmes permettent de regrouper des genes en familles homologues, produire des alignements et des phylogenies, et eventuellement annoter celles-ci en fonction des duplications et pertes de genes. Par exemple :
http://www.treefam.org/
http://pbil.univ-lyon1.fr/hovergen/building_new.html
Ces outils utilisent des criteres mis au point sur la moyenne des genes, qui se revelent peu adaptes aux facteurs de transcription, qui presentent souvent des regions tres variables en longueur comme en sequence. Ceci alors que l'etude de la duplication et la perte de
facteurs de transcriptions est essentielle pour comprendre l'evolution des animaux.
Le sujet du stage est donc de mettre au point les criteres permettant de regrouper les facteurs de transcription en familles pertinentes, et obtenir des phylogenies annotees. Dans un deuxieme temps, ces phylogenies seront utilisees pour mieux comprendre l'evolution des
animaux (par exemple pertes ou duplications massives dans certaines especes).
Hier j'ai eu un peu plus de renseignements :
Vous auriez a mettre au point un pipeline, automatique ou semi-automatique (a voir selon resultats) permettant de recuperer tous les homologues animaux de genes importants du developement, notamment facteurs de transcription, les classer en familles, construire et annoter les phylogenies. En pratique, les outils existent pour ces etapes, mais echouent sur beaucoup des genes qui nous interessent en raison de leur faible conservation de sequence (regarder par exemple un alignement de proteines hox). Donc il faut combiner la mise au point des parametres, la mise en place d'alignements de reference (semi-automatique donc), et l'exploration de nouvelles approches. Sachant que Sebastien (en CC) dans l'equipe travaille deja depuis un moment sur ce genre de sujets (mais pas specifiquement les facteurs de transcription), donc (1) il a une grosse experience, (2) il se peut qu'on ait fait des progres d'ici votre arrivee de notre cote.